Nhà trường có 36 phòng học và 9 phòng học bộ môn. Khu hiệu bộ có 7 phòng hành chính gồm phòng Hiệu trưởng, phòng Phó Hiệu trưởng, Văn phòng, phòng họp giáo viên, phòng Công đoàn và phòng Bảo vệ, phòng Tham vấn, phòng Đón tiếp…; các phòng chức năng khác: phòng sinh hoạt tổ chuyên môn, phòng Y tế, phòng Đoàn đội, phòng Truyền thống, phòng thiết bị giáo dục và thư viện, nhà Thể chất, nhà bếp, nhà kho. Trường  có khung cảnh sư phạm sạch đẹp, khang trang, các phòng học và phòng chức năng được đầu tư các trang thiết bị đảm bảo tốt cho việc dạy và học.

Trường THCS Ngô Quyền được đầu tư xây dựng theo quyết định số 2184/QĐ-UBND, ngày 15/5/2018 của UBND huyện Đông Anh. Trường được xây dựng trên một diện tích khoảng 11.264 m2 tại khu đô thị mới thôn Đông Trù, xã Đông Hội. Trong đó, hệ thống phòng học lí thuyết gồm 36 phòng học và 9 phòng học bộ môn đáp ứng được khoảng trên 1.000 học sinh. Các hạng mục đầu tư bao gồm: Khối nhà học chính, Nhà học bộ môn, Khối nhà Hiệu bộ, khối nhà đa năng, sân thể thao, hạ tầng kĩ thuật và trang thiết bị được đầu tư đồng bộ, hiện đại. Diện tích xây dựng là 3.407 m2 với tổng diện tích sàn là 10.235 m2. Trong đó, nhà Hiệu bộ- thư viện có hành lang và mái tum liên thông sang các khối nhà học chính và nhà thể chất. Nhà học bộ môn cao 4 tầng được thiết kế và bố trí khoa học, hợp lí và rất thông thoáng. Các phòng học đều được trang bị đầy đủ trang thiết bị, đồ dùng phục vụ cho việc dạy và học của giáo viên và học sinh. Phòng học bộ môn được trang bị hệ thống âm ly, loa và đặc biệt có lắp đặt Tivi cảm ứng hiện đại, chuyên dụng,  phòng Tin học được trang bị 40 bộ máy tính cho HS. Bên cạnh đó, khối nhà ăn (690 m2), nhà thể chất (738 m2) với chiều cao 3 tầng được bố trí hợp khối, tầng 1 là khu vực bếp và nhà ăn, tầng 2 bố trí các phòng chức năng và sân tập. Cạnh nhà thể chất là sân bóng đá cỏ nhân tạo mini xinh xắn…. hết sức thuận lợi cho việc sinh hoạt, học tập và rèn luyện sức khỏe.